(a) 売上や仕入等
税務調査において最も指摘されるものは「売上の繰り延べ」「棚卸資産の計上漏れ」です。3月決算の会社であれば、3月に請求するものをあえて、翌月に回してしまえば、売上を翌年にすることができてしまいます。そこでポイントとなるのが、売上に対応する売上原価がいつ上がったのか。それが3月に上がっていたらすぐにばれてしまいます。費用と収益は対応していなければなりません（費用収益対応の原則）。もし翌期以降の売上に対応するのであれば、その費用は棚卸資産に振り替えて損金処理を否認しなければおかしくなってしまいます。これは「期ずれ」と言われる方法です。
また、売上があったのになかったことにしてしまう。仕入をあったことにしてしまう。これを「不正計算」と言います。特に小売業や飲食業のような現金商売はこのような不正行為は多く見られます。
(b) 人件費
いない人の人件費を払ったことにしてしまうというのもよくある話です。あるいは脱税というよりはよく指摘されることとしては、役員報酬は「定期同額給与」「事前確定届出給与」「利益連動給与」のどれかに該当しない限り、損金不算入となります。つまり年間、よほどの理由がない限り同じ金額の役員報酬にしなければなりません。期中に変更した場合には、少なかった方の報酬が基準となり、その差額は損金には算入できません。
従業員の給与については、源泉所得税等とも照らし合わせて調査されます。例えば次のようなポイントです。
・源泉所得税の納付額と源泉徴収簿の各人の源泉徴収税額の合計額との整合性の確認。
・源泉徴収税額表に記載された金額の通りに、源泉徴収が行われているか。
・源泉徴収簿が作成されていない従業員はいないか。
・人件費の各人別明細とタイムカードや出勤簿と照らし合わせて、架空人件費を見る。
・現金支給の場合、領収書はあるか。
・給与支払報告書を提出しているか。
(c) 販管費
債務が確定したもののみが当期の損金の額に算入されます。否認事項は以下の通りです。
・前払費用の損金処理（但し、継続適用を要件として短期前払費用の損金算入可能なルールがあります）
・役員の個人的経費の使い込み
- 損金算入に制限のある費用
寄付金や交際費について、損金算入には一定の制限があります。
・交際費を会議費として計上した場合
・領収書がない費用（談合費等）
・一人当たり5,000円以下の飲食費にするために人数を改ざん
(d) その他
・固定資産の売却益の繰り延べ
・子会社への追加出資直後に計上された子会社株式評価損
