医療法人は、その他の株式会社とは異なった収入構造を持っています。税務上の特殊性も踏まえて、以下論じることとします。
1.医療法人の収入構造
病院等が行う診療行為には、保険診療と自由診療があります。
- 保険診療
公的医療保険の負担がなされる診療で、我々一般人が普段お世話になっている、いわゆる保険がきく診療の事です。1割から3割が患者個人負担、9割から7割が保険負担です。支払事務機関として、社保が「社会保険診療報酬支払基金」、国保が「国民健康保険団体連合会」となっております。病院は診療行為により生じた診療報酬額を点数化したレセプトをこれらの機関に提出し、保険診療報酬を受け取ります。このため、税務当局はこれらの機関に問い合わせれば保険診療額の把握は可能になりますから、不正はすぐに発覚します。
- 自由診療
保険がきかない診療です。診療報酬の全額が患者の負担になり、社保や国保を通さないため、現金商売であり、売上の捕捉が困難になります。そのため、税務調査は自由診療報酬の売上除外を主とします。
2.診療報酬と消費税等
保険診療は消費税法上の非課税取引です（消法6別表第1六）。自由診療は消費税法上の課税取引に該当します。病院等が医療行為を行うための医薬品や設備等の取引は課税取引です。当該仕入に際して支出する消費税等のうち、保険診療に対応する部分の金額は仕入税額控除ができなくなります。但し、消費税等は病院等にとって実質的な負担にはならないため、厚生労働省が診療報酬や薬価等を設定する際には、消費税等相当額を上乗せした診療報酬や薬価等の価格を設定することで対応しています。我々はやはり消費税分を払わされているのと同じことと言っても過言ではないですね。
3.税務上の取り扱いの特例
保険診療を行う医療法人が以下の二つの要件をいずれも満たす場合、当該保険診療にかかる経費として損金の額に算入する金額につき、実際に生じた経費の額に関わらず、当該保険診療に係る報酬額に一定の概算経費率を乗じて計算した金額とすることができます。
- 年間の保険診療報酬が5,000万円以下
- 年間の医業収入（保険診療と自由診療）が7,000万円以下
また、青色申告書を提出する医療法人等が1台又は1基の取得価額が500万円以上の医療用の機械装置や器具備品等を取得して、事業に用いた場合には特別償却額（取得価額の12%に相当する金額）を取得事業年度の所得金額の計算上、損金の額に算入することができます（措法45の2①、措令28の10①）。
