普通の株式会社等の営利法人は全ての所得が課税されますが、宗教法人は収益事業のみの課税です。その収益事業は34種類と決められています。お布施、玉串料、寄付金等は収益事業ではありません。
宗教法人が、収益事業を除き、課税される場合は、宗教法人に対してではなく、宗教法人が人件費を支払った場合に、受給する人の所得税を源泉徴収して納付する場合です。また、経済的な供与があったときにも源泉徴収の対象になります。経済的な供与とは、例えば社宅を低額あるいは無償で貸し付けたような場合、役員や従業員が得をしたと思われる差額分は、所得税を貸されます。宗教法人にも社宅のようなものがあり、住職、宮司、庫裏が社務所に居住するような場合、職務遂行上やむを得ないため、それが相当なものであれば、源泉徴収の対象にはなりません。
さて、宗教法人の場合には、収益事業に該当するか否かが、課税のポイントなります。この認定が案外難しいのです。例えばお守りは宗教法人の収入減の一つです。一見すると、収益事業の物品販売業に見えます。しかしお守り、お札、おみくじの番倍は喜捨金として、非課税事業とされます。但し、絵が破棄、ろうそく等を一般の物品販売業者と同様の価格で参拝客に販売した場合は物品販売業に該当するとされています。
お布施だったら何でもいいのか、というとこれもまた難しいのです。仏舎利（釈迦の骨）であれば、もの凄く高額な価格で販売することができます。実は以前、税務調査で仏舎利一戸当たりの体積と販売個数から総体積を推計したら、仏舎利から人間一人以上の骨の総量が算出されたそうです。しかもまだその宗教法人には在庫があったとか。どれだけ釈迦は巨大な人間だったのでしょうか。まあ、現実には、その宗教法人は別の人間や動物の骨を仏舎利として信者に売りつけていたということなのでしょう。
しかし、これが収益事業になったかというと、結論で言えば、非収益事業となったそうなのです。お金を支払う信者からすれば、この仏舎利もお布施や喜捨金になったということなのでしょう。何か解せませんね。
これだけを考えても、収益事業に該当するかどうかというのは非常に難しいわけです。ちなみに上記宗教法人は、その教祖が年間を通して都心高級ホテルに居住していたため、数十億円の経済的な供与があったとして、所得税として課税されたとか。
